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荧光立体显微镜对细菌单细胞的分辨率较低
荧光立体显微技术
荧光立体显微镜对细菌单细胞的分辨率很低，因此在微生物学
研究中的应用并不广泛。
但是，荧光立体显微镜能够对植物表面的微生物集落进行有用的初步
观察研究，例如生物膜和真菌，或者为高分辨率的显微镜观察选择组织样品
例如，立体荧光显微技术能观察到种皮边缘与根毛上形成的由GFP标
记S. entericac和李斯特菌细胞形成的较大的细菌集落。
与此相比，位于这些部位的GFP标记大肠杆菌O157:H7细胞密度要明显低一些。
在荧光立体显微镜下观察到这些现象是可能的，
这是因为大的细菌细胞聚合体所发出的高亮度的绿色荧光，而在绿光范围内
在首蓓芽的其他部位仅有相对很少的自身背景荧光。
通过灌溉方式将少量GFP标记大肠杆菌O157:117接种在生长的生菜根上时，
大肠杆菌O157:117会以单细胞或小菌落的形式分散于距根不同距离的位置上，
仅能用共聚焦显微镜法来检测
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