光学显微镜用法清华生命研究所陈祝成和李学明
作者: 发布时间:2022-07-02 17:30:51点击:1149
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4月22日,清华大学生命科学院陈祝成和李学明在《自然》杂志上发表了一篇题为Snf2-核小体复合体结构揭示染色质重塑的机制的研究论文。描述了SNF2蛋白对底物核小体的NDN模式和染色质重塑的机制。
在真核细胞中,DNA围绕着组蛋白八聚体形成染色质的基本单位核小体,染色质在包装和保护遗传物质中起着重要作用,但染色质的形成对细胞的某些生理过程,如DNA的复制也有很大的障碍。SWISNF家族染色质重塑蛋白复合物利用ATP水解的能量调节染色质结构,广泛参与干细胞分化、重编程、免疫应答、学习记忆、肿瘤和o的调节。染色质重塑复合物从酵母到人类都是保守的,但其功能的分子机制尚不清楚,这是染色质生物学领域长期存在的基本问题。
本文分析了Snf2蛋白的基态晶体结构,并阐明了Snf2自抑制的机制。目前国际上其他研究小组确定的与核小体结合的染色质重塑复合物的分辨率约为20A。核小体的结合位置只能从它们的轮廓和空间大小来推断。蛋白质如何与底物核小体相互作用以及蛋白质如何相互作用等其他生物学问题尚无法解决,如何利用ATP水解的能量改变核小体结构尚不清楚。
本研究采用单粒子冷冻电子显微镜(TEM)技术成功地获得了分辨率为4.69A的Snf2-核小体复合物,通过比较Snf2蛋白的晶体结构和复合物的电子显微结构,发现S.nf2蛋白与核小体结合,两个主要结构域(核1和核2)之间的旋转大约为80度。这种巨大的构象变化创造了一个由SuppH螺旋和Brace螺旋介导的新界面,将结构元素I和VI聚集在一起,从而揭示了wh的作用机制。ich核小体可以激活Snf2蛋白的ATPase活性(图2)。不同于先前被认为是在DNA和组蛋白之间插入功能的模型,Snf2主要通过许多保守的螺旋酶结构元件和核小体DNA的磷酸化骨架结合,其中lso解释了染色质重塑复合物与DNA结合的序列非特异性,揭示了一种新的染色质重塑蛋白与底物结合的机制(图.C)。染色质重塑与文献中的染色质重塑的DNA波模型相一致(图e)。本研究阐明了种与基质核小体结合的染色质重塑蛋白的高分辨率结构,并揭示了染色质重塑的机制。
本文作者是清华大学生命科学院的陈祝成和李学明,清华大学生命科学院的博士生刘晓宇、李梅静和夏贤,合著者为《蛋白质科学》。e Research(北京)设施,清华大学冷冻电子显微镜平台,为数据采集提供支持,清华大学高性能计算平台为数据处理提供支持。生物学、清华北京大学生命科学联合中心、科学技术部、自然科学基金委员会和中央青年千人计划。
Snf2-核小体复合物的结构和染色质重塑机制。(a)关于Snf2-核小体复合物的电子显微结构的两种不同观点:虚线扩增和重新分析;(b)激活的Snf2结构;(c)Snf2-DNA相互作用;(d)基于结构的Snf2作用。活性分析(左,ATP水解活性;右,染色质重塑活性);和(e)Snf2染色质重量在塑性机理模型中,双箭头(左)表示Snf2两个主要结构域的相对运动方向,单箭头(右)表示DNA波的方向。(F)染色质重塑团队(左前:夏贤,刘晓宇,李美静;后排:李雪明,陈竹成)。
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